Во время великого ярославского пожара 1658 года в Кремле выгорели все здания. Сразу же вслед за тем началось строительство каменных укреплений. По углам кремля были поставлены каменные проездные башни: со стороны Которосли — Зелейная для хранения пороха, а со стороны Волги — Подволожская, позднее перестроенная в арсенал и сохранившаяся до наших дней.

Медведицкий овраг в XVII веке укреплять не стали по причине недостатка средств, а вдоль Которосли поставили две глухие башни и одну воротную — Никольскую. Все эти укрепления были снесены в течение XVIII века за ненадобностью.